Флаг города утвержден решением Совета депутатов г. Черногорска от 30 ноября 2004 г. № 79 "Об утверждении Положения о флаге муниципального образования город Черногорск" и повторяет композицию герба города.
Положение о флаге муниципального образования город Черногорск Республики Хакасия

Изображение флага

Свидетельство Геральдического Совета при президенте РФ о регистрации флага города в государственном геральдическом реестре за номером 1735.

Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки),
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково),
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва).

Описание флага города Черногорска:
«Флаг города Черногорска представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба: смещённые к древку чёрный с белым контуром камень, от которого расходятся расширяющиеся жёлтые лучи, и расположенный вплотную к нижнему углу у свободного края красный равносторонний треугольник, отстоящий от древка по нижнему краю полотнища на 4/9 длины; поверх границы треугольника расположена орнаментальная полоса из красных геральдических лилий, выделенных жёлтыми контурами».

Обоснование символики флага города Черногорска.
Флаг города разработан на основе герба, который отражает исторические и экономические особенности города.
На флаге кусок каменного угля, от которого расходятся золотые лучи, показывает первопричину образования города как шахтёрского, молодого (статус города был присвоен в 1936 году), полного жизненной энергии и устремлённого в своём развитии вперёд. Узор из сплетённых геральдических лилий символизирует текстильное производство города.
Красный цвет на флаге символизирует жителей Черногорска — тружеников, огромный вклад которых в экономическое, культурное, духовное развитие своего родного города имеет немаловажное значение.
В геральдике красный цвет — символ труда, мужества, красоты, праздника. Синий цвет поля указывает на расположение города в долине рек Абакана и Енисея, подчёркивая природные богатства, окружающие город. В геральдике синий цвет — символ чести, верности, искренности, славы. Жёлтый цвет (золото) — символ богатства, уважения, интеллекта. Чёрный цвет символизирует мудрость, благоразумие, скромность.